Преамбула: установил на днях Windows 7, Flyilink и все остальное. При попытке клика на магнет-ссылку файрфокс выдавал мне на выбор приложение для открытия, среди которых значился FlylinkDC++. При выборе этого пункта ничего не происходило.
После долгого гугленья, попыток прописать ключи в "about:config" нашел интересную заметку в форуме, которая подсказала мне в какую сторону рыть.
У юзеров Windows XP такой проблемы скорее всего быть не может, тут просто дело в UAC. Поэтому юзеры Vista и Seven эта тема для вас.

Почему не перехватывает ссылку: как я уже написал выше, дело скорее всего в UAC(вернее, я почти на 100% уверен в этом). У флайлинка есть опция "Установить обработчик магнет-ссылок при запуске". Прописываются при этом нужные ключи в реестре, а UAC естественно при запуске не от администратора такое программе не позволит сделать. Если вы первый раз запускали flylink от администратора, то скорее всего проблем у вас с магнетами не будет, а если нет, то читаем дальше.

Как побороть проблему:
1. Закройте Firefox, нам он пока не понадобится.
2. Откройте Flylink с правами администратора. Файл->Настройки->Дополнительно. Справа стоит галочка на пункте "Установить обработчик магнет-ссылок при запуске", убираем ее. Если при закрытии настроек снизу, в строке состояния флай пишет сообщения "Ошибка при создании..", то вы запустили Flylink не с правами администратора. Перезапускайте. После всего этого закрываем программу.
3. Можно удостовериться, что ключи в реестре пропали и с magnet у нас больше ничего не ассоциировано. Запустим Firefox и кликнем на магнет-ссылку, он будет ругаться "Firefox не может определить, как открыть данный адрес...". Отлично. Можно закрыть.
4. Снова открываем Flylink с правами администратора и ставим галочку, которую убирали во втором пункте. Обязательно закрываем Flylink.
5. Открываем Firefox, кликаем на ссылку, он опять предлагет выбрать в качестве обработчика события FlylinkDC++, соглашаемся(можно еще и поставить выбор по умолчанию сразу). Откроется Flylink и сделает долгожданный запрос на поиск файла. Всё, связь проложена. При последующих кликах на магнетах будет всё в ажуре.

Дальше в принципе можно и не запускать флай с правами администратора, но я сделал запуск все-таки под админом.

Good Luck.