Фёдор написал(а):

не режет имеющийся файл, а конвертит часть его

оО это не он, это Вы ))
выбираете отрезок, который нужно вырезать и конвертируете с теми же настройками кодека что и у исходного файла.

mediaInfo - первое что приходит в голову.