Потому что кроме САТА у платы может быть еще и РЭЙД и драйвера на него не установлены.
Есть такие платы, в которых РЭЙД нафиг не нужен, но он есть и при этом никак не отключается. Пример: ASUS P5RD1-VM. Пока дрова на рэйд не поставишь, тормозит диском.
Вариант второй, новая мат-плата, хитрый контроллер HDD, винда его вроде знает, но не очень, поставь на мать родные драйвера, скорее всего будет работать лучше.

Что за мать-то может какие стандартные сгодятся?