Зачем писать на Си? Что должна делать такого особенного программа, что она должна быть написана на Си? Может написать не программу на Си, которая бы работала с php-скриптом и html, а php-скрипт, который бы взаимодействовал с Си-программой посредством string system (string command [, int return_var]), например.

Может тогда лучше использовать ASP.NET(С#)? МатФункции и работу с базой реализовать в виде вебСлужб. И соответственно взаимодействие взаимодействие с ПХП будет через эти вебСлужбы. Вроде бы С# побыстрее ПХП, а на чистом си, будет неоправданно трудоемкое решение, и врядли быстрее чем на С#. Но решать тебе.
зы. на правах рекламы, да здравствует Билли! :)

Необязательно переезжать, можно организовать второй хостинг на базе Win и там собственно организовать вебСлужбы. Другое дело приемлимо ли это?

Mudorvir написал(а):

Как у себя для тестирования настроить(Апач настроен под винду, но сервак в инете - линь)

пиши переносимый код, для сетевого приложения на сокетах это сделать легко. линь тебе все-таки нужен, компилировать чтоб. в апаче как cgi-cкрипт одинаково устанавливается, только в одном случае .exe, в другом .cgi.

как взаимодействовать с др. языками(преимущественно php)

через вызов скрипта с параметрами и(или) GET'ом и чтение возврата (через сокеты делается).

как с html

апач перенаправляет вывод из stdout.

прописать типы файлов в конфиге апача
посмотри как прикручен пхп к апачу
типы файолв php и php3 и сделай аналогично