Действительно! Поменял все шрифты (настройки Qt, Qt4, шрифты в менеджере тем KDE и в параметрах отображения окон и пользовательского интерфейса Xfce) на DejaVu Sans - "Ы" вернулась к первозданному виду. Вот только Yast2 продолжает сопротивляться и показывает "Ь ". :-)

P.S. У меня на работе (аналогичная конфигурация системы) тоже всё нормально отображается.
Есть подозрения, что это остались следы после экспериментов с XGL - удалить-то я его удалил, но настройки для него, периодически в системе нахожу.

а у меня в гноме тахома стоит 8-9 размеров. 96 дпи. отлично смотрится.

Пробовал и для root-а ставить - не помогает. Скорее всего можно было обойтись менее радикальным методом - не менять шрифты везде, а найти параметр, который отвечает за отображение шрифтов, но что это за компонент и где он находится - вопрос.

В Yast2 есть возможность использования как qt, так и gkt. У меня он работает используя qt, работать с gkt отказывается.
Буду копать дальше. :-)

Хм... Даже не рассматривал такой вариант. Вобщем - то сейчас уже и не надо, где требовалось - настройки допилил. :-)

Не задумывался над этим! Надо будет на досуге поэкспериментировать со шрифтами Microsoft.