В даташите на процессор ищешь описание регистров связанных с работой АЦП читаешь, понимаешь и конфигурируешь модуль АЦП под свою задачу. Я знаком только с Pic, Avr мотороллу увы не знаю.

Много времени убъешь на понимание работы этого куска кремния если на него нет нормального описания при этом есть риск(большой) так и не разобраться как оно работает:). С таймером в AVR, Pic довольно все просто есть регистр управления в котором задается режим работы, предделитель разрешаются/запрещаються прерывания и т.д. разрешается работа самого таймера и все собственно начинается его инкремент в каждом татковом цикле при этом контроллер выполняет массу параллельной работы. Возникает прерывание в обработчике которого делаешь то что задумано примерно так:). Отладчиками для AVR не пользовался жаль правда пока хватает дебаггера в AVR Studio для вылавливания всех глюков.