Был такой трабл, когда правил чужую длл в билдере. Он, зараза, брал не скомпилированную длл, а ее копию с таким же названием, которая лежала в другой папке, на которую была ссылка из Тулс->Инвайренмент оптионс->лайбрари, строчка лайбрари патч. Убедись, что тот файл, на который ты ставишь брейкпоинты является компилируемым. Кроме того, кажется, в проекте есть файл, куда сохраняются брейкпоинты. Очень сомневаюсь что поможет, но я на всякий случай его бы удалил. И убрал бы крыж "сохранять брекпоинты".